Ich habe von XP auf Vista upgegradet und mein Thunderbird erkennt die Mails von vorher nicht mehr, obwohl ich sie in den richtigen Ordner gemacht habe. Was kann ich nur tun?

Du musst exakt die selbe Version laden wie vorher, dann die Mails reinkopieren und dann erst updaten. Dann müsste es gehen.

lösch einfach nochmal alle Profile und kopier die Daten erneut. Das sollte eigentlich schon reichen.
PS: dabei muss Thunderbird natürlich aus sein.

Geh doch einfach auf Konten importieren und zieh die alten Mails da rein.

Das geht beim Thunderbird eigentlich nicht. Du kannst zwar Sachen importieren, aber so weit ich weiß nicht von alten Versionen. Es könnte eher sein, dass du den Profilordner umbenennen musst. (Wie, weiß ich allerdings nicht).